認証工場と指定工場
自動車整備工場には認証工場と指定工場があります。
下記、説明は長くなりますが、指定工場は認証工場の上の工場と覚えておくとよいと思います。指定工場になるためには、前提として、認証工場でなければなりませんので。
自動車の「分解整備」を行おうとする場合は、地方運輸局長の「認証」を受けなければなりません（道路運送車両法第７８条第１項）。この「認証」を受けた工場を「認証工場」と言います。
なお、「分解整備」とは、原動機、動力伝達装置、走行装置、操縦装置、制動装置、連結装置を取り外して行う自動車の整備又は改造をいいます（道路運送車両法第４９条第２項、同施行規則第３条）。一般的に自動車の修理を行うことを、「分解整備」という認識でよいです。あえて注意点があるとすれば、キズ、ヘコミをなおすような板金は含まれません。
また、認証工場のうち、設備、技術、管理組織等について一定の基準に適合している工場に対して、「申請により」、地方運輸局長が指定自動車整備事業の指定をしています。この「指定」を受けた工場を「指定工場」と言います（「民間車検場」、「民間車検工場」と呼ばれます。道路運送車両法第９４条の２第１項）。
指定工場のメリット
車検を依頼を受けたときに、保安基準適合証を交付できるかどうかというのが、指定工場であることのメリットです。そうすることによって、運輸支局・自動車検査登録事務所等に自動車の持ち込みをせずに車検を終えられるからです。
指定工場に車検を依頼した場合、指定工場では、自動車の点検整備を行い、自動車検査員が検査を行い、保安基準に適合していればその証明し、保安基準適合証を交付します。
この保安基準適合証を運輸支局・自動車検査登録事務所等に提出することにより、車両の持ち込みが省略できます。
このことは、ユーザーにとってどんなメリットがあるかというと端的に言うと車検費用を抑えることができるということです。車を自動車検査登録事務所に持ち込んでいる工場とそうでない工場とどちらがコストがかからないかは、一目瞭然でしょう。
ちなみに、よく車検を売りにしているところは、当社は、「国土交通省指定・認証車検工場」というのは、少し間違えで「地方（関東、中部など）運輸局指定・認証車検工場」というのがただしということが上記からわかりますね。
おそらくつっこみをいれると国土交通省関東運輸局だから、と理屈をいうと思いますが、、、